Stelis papaquerensis foi descrita em 1850 por Reichenbach. É uma planta epífita mas encontrada também com hábito rupícola, em ambientes úmidos. Sua altura varia de 12 a 30cm de altura, em touceiras de muitas folhas. O caule mede entre 5 e 13cm de comprimento por 0,2cm de largura, com duas a três bainhas tubulares envolvendo-o. A folha vai de elíptica a oblanceolada, medindo de 5 a 15cm de comprimento por 1,5 a 3,5cm de largura.
A inflorescência é variável em quantidade de flores, indo de laxa, com flores espaçadas a densa, com flores mais agrupadas na haste floral, mas costuma ser longa, medindo de 12 a 30cm de comprimento, surgindo de uma espata de 0,5 a 1,5cm.
As flores são normalmente verde-claras, podendo ser um pouco mais escuras. As sépalas são concrescidas e completamente glabras (sem pelos), ao contrário das sépalas de S.fraterna, que são pubescentes. Apresentam três nervuras visíveis, ramificadas. A sépala dorsal é maior que as sépalas laterais, medindo 0,3-0,4cm de comprimento por 0,2-0,3cm de largura, enquanto oas sépalas laterais medem 0,15-0,2cm de comprimento por 0,2-0,3cm de largura.
As pétalas são obovadas, medindo pouco mais de meio milímetro de comprimento por um milímetro e pouco mais de largura.
O labelo é ovado e apresenta uma pequena concavidade; muito pequeno, mede entre 0,7-0,8mm de comprimento por 0,8-1mm de largura, com duas calosidades divididas superficialmente por um sulco longitudinal.
A coluna mede entre 0,8 e 0,9mm de comprimento.
A espécie floresce no verão.
É muito confundida com Stelis fraterna Lindl.; a semelhança que confunde é a morfologia floral (sépala dorsal maior que as sépalas laterais, característica de ambas as espécies). Um exame detalhado das sépalas é que aponta a diferença entre ambas: S.papaquerensis tem as sépalas glabras (sem pelos), e S.fraterna apresenta sépalas com nítidas pilosidades nas margens.
Para a lista do Royal Botanic Gardens, ambas são tratadas como uma mesma espécie, com S.papaquerensis sendo a espécie válida. Na Lista de Espécies da Flora do Brasil, publicada pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro, que aqui seguimos, as duas espécies são distintas.
O nome ‘papaquerensis’ , muitas vezes grafado equivocadamente sem a primeira sílaba, é referência de Reichenbach ao local de coleta, Rio Papaquera, em Florianópolis (e não “Papaquer”, como consta no dicionário etimológico do Padre José Gonzalez Raposo).