Espécie típica da mata atlântica, uma planta vigorosa, com caules de até 17cm e folhas de comprimento próximo disso, o que proporciona espécimes geralmente com altura de mais de 30cm, em touceiras isoladas de até 20 folhas.
São até 8 flores por inflorescência, que é densa e localizada na base das folhas. As sépalas são todas parcialmente fundidas entre si e são repletas de papilas (aftas) em sua face interna, o que dá o nome à espécie. As papilas são facilmente identificáveis nas macrofotografias das flores e mesmo a olho nu. O labelo, por sua vez, é trilobado, longo e com carenas laterais em boa parte de sua extensão.
A inflorescência apresenta uma característica interessante que é o fato de ficar menos alongada à medida que se aproxima do ápice, ou seja, conforme ensinam Cezar Neubert Gonçalves e Jorge Luiz Waechter no trabalho “O gênero Acianthera no Rio Grande do Sul”, as flores são mais afastadas na base do que na extremidade, onde surgem apertadas e de um único ponto.
A ocorrência da espécie tem certa discussão a respeito: enquanto a lista de espécies da Flora do Brasil dá A.aphthosacomo endêmica do Brasil, ocorrendo no sul e sudeste do país, Waechter e Neuberth Gonçalves dão ocorrência também para a América Central e Norte da América do Sul, destacando entretanto que no Brasil a espécie realmente só ocorre nas regiões sul e sudeste do país.
Embora tratemos aqui Pleurothallis aphthosa e Pleurothallis foetens como sinonímias (e assim são reconhecidas na Lista de Espécies da Flora do Brasil), ambas foram descritas como espécies distintas por Lindley, respectivamente em 1838 e 1843, e somente em 1976 passaram a ser consideradas sinonímias, de acordo com proposta de Carl Luer. Entretanto, alguns autores mantém ambas as espécies separadas, caso de Guy Chiron e Fredy Achila, que em artigo publicado na revista Richardiana em outubro de 2012, propuseram o restabelecimento de Pleurothallis foetens como espécie autônoma.
Devido ao mau odor que as flore exalam, uma de suas sinonímias é justamente Pleurothallis foetens (= Pleurothallis que cheira mal, Pleurothallis fétida). Trata-se de característica da planta, com o evidente propósito de atrair polinizadores.